最近の高気密高断熱住宅は、家の中にクロスや合板の接着剤、塗料などから揮発する化学物質が室内を汚染しないように、換気扇で居室の空気を外に出して、自然吸気で外気を取り入れる第三種換気システムを使うことが多い。これは比較的コストが安いので、多く取り入れられている。
この仕様だと、換気扇で強力に屋外に空気を排出し続けるので、室内が負圧になりやすい。つまり屋外より気圧が低くなる。自然吸気口の開口面積や数が不適切で足りない場合、極端な場合は玄関のドアが気圧差で開きにくいという場合もある。こういう状況の場合は、薪ストーブの煙突からも、薪ストーブ経由で、換気扇に向かっての気流が発生している。
薪ストーブの焚きつけをすると、煙突へ向かって煙が排出されずに、換気扇に向かって煙が流れていき、室内が煙だらけになるということが起きがちだ。
第三種換気システムの24時間換気
一時停止できるようになっている
薪ストーブの焚きつけをする時には、事前に24時間換気を一時停止して、なおかつ薪ストーブの近くの窓を開放して、一時的に室内の気圧を外気圧と同じに戻してやる必要がある。室内と屋外の気圧差がなくなれば、薪ストーブの煙は煙突に流れてくれる。
ある程度薪ストーブが安定稼働すれば（目安としては、機種にもよるが、天板の温度が100℃程度まで上がれば）、24時間換気のスイッチを入れて、室内が多少負圧になっても、煙突へ煙が流れ続けることができる。換気扇に勝てる位のドラフト（煙突内の上昇気流）を早く作るのがポイントだ。
お風呂場の換気扇を兼ねて、かなり強力に換気する
第三種換気の場合、必ず設定されている外気導入口だけど、これだけだと、薪ストーブの燃焼用の空気を取り入れるには足りない。必ず、薪ストーブの近くに、薪ストーブ専用の外気取り入れ口を設定する。必ずしも、ダクトで直接接続しなくても大丈夫だ。
居室にある空気取り入れ口
ちなみに「直接接続すれば、いくら室内が負圧になっていても大丈夫」というのは大きな誤解だ。むしろ直接接続すると、薪ストーブを稼働していない時も生暖かい湿った外気が薪ストーブ経由で換気扇に向かって流れ続けていき、薪ストーブの鉄の冷気に触れて結露して、薪ストーブが錆びだらけになるリスクが非常に高くなる。必要に応じてシャッターで開閉をコントロールできるガラリ（レジスター）の方が良いと個人的には考えている。
また、上記の第三種換気システムの他には、第一種換気システムというのもある。
こちらは排気だけ換気扇を使うのではなく、吸気も排気も両方とも換気扇を使い、室内が負圧にならないように設計されている優れものだ。このシステムだと、比較的薪ストーブと相性が良いが、フィルターが詰まってきたりして、吸排気のバランスが崩れると、負圧になってしまうので、取り扱い説明書の指定時期に応じた、定期的なメンテナンスが重要だ。
第一種換気システムの場合は、熱交換機やダクトを使って、吸気した外気を排出する室内の空気で温めてから、室内に入れるという複雑な仕組みとなっているケースが多い。そのため導入時にもメンテナンス時にも、それなりのコストがかかるので、それほど普及はしていない。導入時やメンテナンス時のコストを、冷暖房費の削減で吸収するという考え方だ。
ちなみに、フィルターを介した換気扇で室内に向かって空気を送り続けて、排出を自然吸気で行い、室内が正圧（屋外より気圧が高くなる）になるのが第二種換気システムだ。しかし、これは一般の住宅ではあまり使われていない。室内の方が、屋外より気圧高くなっているので、屋外側から細菌や微細物質が侵入しない、無菌室やクリーンルームなどに採用される特殊なシステムだ。
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